一、本案争议焦点之一，双方当事人于本案工程是转包关系还是借用资质（挂靠）关系。
申请人认为，被申请人与申请人签订《工程施工合作协议书》将该工程转包给申请人，无论该协议效力如何，被申请人即转包人；申请人为实际施工人的性质无法改变。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第26条第一款规定：“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理”。该“司法解释”明确了实际施工人首先应该起诉与其有法律关系的转包人或违法分包人。因为实际施工人是按照与转包人签订的合同约定来进行施工的，实际施工人对转包人负责，同样转包人负有支付工程款义务及办理工程结算的义务。
被申请人认为，双方之间不是转包关系而是借用资质关系，转包与借用资质并不相同。申请人借用被申请人施工资质承揽工程，所以本案出现的总包合同以及补充协议均是在申请人授意之下签订的，双方签订合作协议书的主要意图是约定申请人向被申请人缴纳2.5%出借资质费用。本案争议事项属于申请人作为实际施工人与发包人之间的纠纷。因此本案审理范围应限于合作协议约定内容，而不应超越合作协议书审理申请人与发包人之间的建设工程合同纠纷。
仲裁庭认定：申请人作为实际施工人在没有任何施工承包资质的情况下通过本案合作协议书承揽本案工程实际施工工作，违反了《合同法》第52条，双方签署的合作协议书，属于无效合同。但，在申请人实际施工的本案工程已经投入使用的情况下，申请人要求被申请人按照合作协议书约定进行工程结算和价款支付的主张，符合本案实际情况，也符合相关司法解释，应当予以支持。
二、本案争议焦点之二，造价鉴定的必要性及鉴定程序是否违法
被申请人提出，因未能参与本案工程履约所以无法获取相关鉴定材料也无法实质性应对造价鉴定的抗辩意见；质疑本案造价鉴定程序不合法，称鉴定人的鉴定行为不符合鉴定规范。被申请人提到鉴定人在鉴定过程中未能组织现场勘验等等。
申请人认为，《建设工程造价鉴定规范》的生效时间在仲裁庭委托鉴定的时间之后，对本案造价鉴定活动没有溯及力；本案工程造价鉴定的范围是十年前施工的结构部分和基础部分，鉴定时处于已售已住状态，勘验工作无必要、亦无任何意义。
仲裁庭意见，被申请人负有向申请人履行工程结算和价款支付义务，鉴于本案双方当事人并未就工程结算价款达成一致，为查明事实，依据仲裁规则作出启动工程造价鉴定的决定，必要且正当。
尽管仲裁庭认定合作协议书无效，但双方确实履行了本案合作协议书，依据该协议书，被申请人应当负责向发包人统计并申报本案工程已完产值、从发包人处收取工程款以及“在工程施工过程中委派项目经理及相关人员，对工程的工期、进度、质量和安全进行全面的监管”等等，被申请人理应依约深入参与本案工程履约管理并在此过程中自动获取相关工程资料。即便被申请人无法进行实质性抗辩，也应承担相应责任并为此承担相应后果。
仲裁庭采纳了申请人的观点，认为造价鉴定规范对本案造价鉴定不具溯及力，且鉴定规范不是法律、行政法规，亦不是本案适用的仲裁规则，鉴定人在本案鉴定工作中并不必然受其制约。现场勘验并非造价鉴定必然环节，只有鉴定人根据案情认为有必要的情况下才需要组织现场勘验，本案鉴定人陈述未组织当事人现场勘验的理由并无不当，符合本案实际情况。
三、本案争议焦点之三，是否应扣留质量保修金。
申请人认为，案涉工程于2012年之前就已经投入使用，至仲裁时，已七年之久，根据《建设工程质量管理条例》第四十条规定，各项法定保修内容均已过期，而且被申请人与申请人签订的《工程施工合作协议书》中，没有工程保修金相关约定，因此预留保修金既没有合同依据亦没有法律依据。
被申请人认为：虽然合作协议书本身并未约定保修金，但工程保修是申请人作为实际施工人的法定义务。根据被申请人提交的证据，申请人施工工程存在诸多质量问题，据此，被申请人要求按照行业惯例，扣押申请人工程结算款的5％作为保修金。
仲裁庭意见，虽然本案工程保修期已经届满，但对于案涉发包人A公司曾经在相关各方召开结算会议时候，曾经明确提出过其在案涉工程保修期届满之前已经发生维修的相关费用，且没有证据证明相关各方已经就维修扣款主张提出任何异议，也没有证据证明结算会议之后相关各方已就上述问题进行落实。因此仲裁庭按照结算价款的2.5%酌情预留了发包人主张的维修费用，并且为双方当事人就维修费用问题留下另案救济的口子。
【结语和建议】本案系合同无效情况下，实际施工人主张工程款的案例，根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》之规定，以实际施工人身份起诉与其有合同关系的转包人。因在仲裁程序中，不能够追加案涉合同之外的发包人为连带责任人，转包人只能通过另行提起仲裁向发包人追偿工程款；而实际施工人是按照与转包人签订的合同约定来进行施工的，实际施工人对转包人负责，同样转包人负有支付工程款义务及办理工程结算的义务。最终裁决由合同的相对方，即被申请人向申请人支付工程款。
本案中，申请人因被申请人拖欠工程款，主张的一项重要索赔款项，即某钢结构公司在顺义法院已生效判决确认的应由申请人支付的索赔款，未获得仲裁庭的支持。这部分款项系因被申请人拖欠工程款，申请人无力支付租赁费而起，最终衍生成为巨额的索赔。
就此问题，本律师给施工企业提出两点建议：一是，发包人欠付工程款，导致施工企业欠付下游的分包款、材料款或是机械租赁费等情况时，实际施工人一定要积极采取措施，防止损失的进一步扩大，否则，日后向发包人主张赔偿的时候，对没有采取适当措施致使损失扩大的部分，是得不到法院或仲裁支持的；二是，为防止因发包方欠付工程款，导致施工企业无力支付下游款项，现金流紧张的情况出现，建议施工企业在签订分包、分供合同时，要与大合同即施工总承包合同的合同条件挂钩，尤其是分包、分供合同的付款条件、付款比例要与施工总承包合同的付款条件、付款比例保持一致，尽可能避免企业经营中的资金困难，和可能发生的讼累。
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