公诉机关对被告人的指控包含了两方面的内容，一是被告人实施了一个或多个具体的行为;二是被告人的具体行为触犯《刑法》，应对被告人予以惩处。前一方面是案件事实认定问题，后一方面是案件法律适用问题。
在进行无罪辩护时，辩护律师可以考虑，是对公诉机关提出的事实认定进行抗辩，还是对其提出的适用法律观点进行抗辩，或者对两方面同时进行抗辩。在选择对公诉机关提出的事实认定进行抗辩时，辩护律师还有两种选择：
(1) 正面论述和证明一个和公诉机关提出的案件事实不同的被告人的具体行为;
(2) 反驳公诉机关提出的对案件事实的认定，即论述和证明公诉机关并没有用证据充分证明被告人实施了犯罪行为。
因此，针对公诉机关对被告人的指控，辩护律师可以选择的基本抗辩方法是：案件事实辩护、证据不足辩护和法律适用辩护。
1、案件事实辩护
案件事实辩护是指律师在辩护中正面讲述一个和公诉机关指控的犯罪事实不一样的案件事实，来化解指控的事实基础，从而使法院作出对被告人有利的事实认定，并进而作出对被告人无罪的判决。
案件事实辩护又可以分为：
(1)不符合犯罪构成要件的辩护
一项犯罪的成立，以行为人的主客观方面符合特定的犯罪构成要件为必要条件，如果犯罪构成要件缺失，则犯罪指控不能成立。因此，在具体案件的辩护中，律师可以通过证明犯罪构成要件不具备而达到辩护目的。
这一策略常见的做法有：
a、陈述或证明被告人不具备法定的犯罪主体要件
这一做法较多地使用于有特定主体要求的犯罪，如特定职务主体的犯罪(如渎职罪、重大安全事故罪、职务侵占罪、非法经营同类罪)，以及特定身份的犯罪(如贪污贿赂犯罪、军人违反职责罪)。
b、陈述或证明被告人客观上未实施犯罪行为
陈述或证明被告人未实施所指控的犯罪行为常见的方法是寻找被告人案发时不在犯罪现场的证据，或者提供被告人不具备作案时间的证据，或者在现场但未实施犯罪行为。
c、陈述或证明不具备某些犯罪构成所要求的犯罪目的和犯罪后果
有些犯罪的成立，其犯罪构成中需要有一些特别的要件。如目的犯中，走私淫秽物品罪必须要以牟利或者传播为目的，侵犯著作权罪必须要以营利为目的，倒卖文物罪必须要以牟利为目的等。在结果犯中，如生产、销售不符合安全标准的产品罪，编造并传播证券交易虚假信息罪，环境监管失职罪等，均需要有造成严重后果的要件。
对于这些具有特别犯罪构成要件的犯罪，辩护律师应分析公诉方证据体系中是否具备证明这些要件存在的证据，若这方面证据缺失或不完备，则可作犯罪构成要件不具备的无罪辩护。
(2)阻却违法性事由辩护
指辩护律师虽然认同起诉书关于被告人实施了某个具体行为，但辩护律师陈述或证明因为法定事由的存在，导致被告人行为的违法性丧失，从而被告人无须承担刑事责任。
阻却违法性的事由一般有：被告人未达到刑事责任年龄，被告人因精神原因不具备刑事责任能力，受害人自愿，正当防卫、紧急避险或意外事件等情形。
2、证据不足辩护
刑事案件中，全面充分地证明被告人有罪的证明责任由公诉机关承担，如果公诉机关不能做到这一点，就将承担不利的诉讼结果。辩护律师除正面陈述或证明案件事实，为被告人进行辩护外，还可以对公诉机关的证据提出反驳，陈述并证明公诉机关不能确凿地证明被告人犯罪。这种对公诉机关证据进行反驳的辩护方法就是证据不足辩护。
采用证据不足辩护方法，要掌握以下基本技能。
(1)“孤证”不能定案
“孤证”即单一的证据。“孤证”由于不能得到印证，其自身的真实性无法得到确认，不能得到真实性确认的证据自然不能充分地证明案件事实。“孤证”不能定案，是现代司法体制的铁律。
孤证不能定案是无疑义的，也是我国侦查机关所熟知的，如在凶杀案件中，侦查机关即便拿下了犯罪嫌疑人的口供，往往还会让犯罪嫌疑人指认犯罪现场，指认凶器藏匿地，起获凶器，并尽可能在案发现场寻找犯罪嫌疑人的其他痕迹。
(2)排除不合法、不真实、与案件无关联的证据
对被告人的犯罪指控是由一系列证据来支持的，如果辩护律师能证明控方有罪指控的主要证据不合法、不真实或与案件事实没有关联性，则这些证据就要从控方的证据体系里排除出来，这就有可能导致控方的犯罪指控因缺乏证据而不能成立。
不合法证据，是指证据来源或提取程序不合法，如以刑讯逼供和威胁、引诱、欺骗以及其他非法方式获取证据。
不真实证据，是指证据内容不真实，是虚假的。如证人提供伪证，书证是伪造的，视听资料是剪辑伪造的，鉴定人作虚假鉴定等。
证据与案件事实没有关联，是指证据同案件事实没有联系，不具备证明案情的实际意义。如证人的证词和案件事实无关，书证和视听资料的内容和案件事实无关，物证和案件事实无关，检材错误导致鉴定结论和案件事实无关等。
(3)证据不能构成证据链不能定案
有时控方证据看似庞杂，但其证据之间缺乏联系，不能形成证据锁链，因而起不到证明被告人犯罪的作用。
(4)证据不充分不能定案。
《刑事诉讼法》第162条提到的“案件事实清楚、证据确实充分”才能判定有罪的规定，事实上确立了认定被告人有罪的证明标准，即有罪证据必须确实充分。如果达不到这一证明标准，则属于证据不充分，不能作有罪认定，只能根据“疑罪从无”原则，作出无罪判决。
这一证明标准如何理解适用，实践中可以分两种情况：
a、控辩证据相冲突控方证据不能否定辩方证据。
在一起刑事诉讼中，如果控方提出了一系列有罪证据，但辩护方也提出了一些无罪证据，控方证据即便数量占优，但并不能从根本上否定辩护方提出的无罪证据，则属于没有达到“证据确实充分”的证明标准。
b、控方证据不能排除合理怀疑。
排除合理怀疑的标准在《人民检察院刑事诉讼规则》就得到表述，在该规则第286条中，关于证据不足不符合起诉条件的情形中的第3项、第4项规定：“据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的”，“根据证据得出的结论具有其他可能性的”。
如果控方证据达不到这样的标准，辩护律师应主张“疑罪从无”，要求宣判被告人无罪。
3、法律适用辩护
法律适用辩护，是指辩护律师对控方提出的事实认定不持异议，但辩护律师认为，根据罪刑法定原则，被告人的行为并不符合公诉机关指控罪名的具体法律规定，被告人的行为不构成犯罪。
这种辩护常常涉及繁复的法律规定和司法解释，有时甚至与一些部门规章关涉，这对律师搜索相关规定加以理解并作对当事人有利的解释等诸方面能力是一个考验。
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