在约定优先的原则下，需要对约定的合理性进行审查。上海高院知产庭在2013年发布的《职务发明创造发明人或设计人奖励、报酬纠纷审理指引》中指出，“职务发明创造奖励与报酬为单位与发明人之间协商约定的，应按《合同法》、《劳动合同法》之规定，判断该约定是否生效，以及是否具有无效或可撤销、可变更之情形。依法制定的规章制度中规定职务发明创造奖励与报酬的，则主要审查该规章制度制定的程序合法性。”由于不同行业存在很大差异，不同行业职务发明的奖励报酬也不可能完全一样，因此也不能要求其职务发明奖酬制度相同。在尊重企业经营自主权、尊重当事人意思自治的原则下，只要是企业根据自身性质，并按照法定程序对奖励报酬进行约定的，就可以推定该约定是合理的。当然，如果约定的奖励报酬数额极低，明显不合理，就不能再依据约定来确定奖励报酬的数额。
“合理性”审查集中在奖励报酬数额的合理性上。具体数额是否合理主要考虑因素包括企业的经营情况、发明创造的类型与价值、发明过程中单位与个人的贡献、发明创造的应用前景等等。由于发明创造的价值和市场前景难以准确量化，故客观上双方在在签订合同时难以确定一个“合理的”奖励报酬数额。因此，诉讼中对约定奖励报酬的合理性判断，也没有明确的标准，各方主张不同，其结论往往因案而异。诉讼双方此时均会将专利法实施细则规定的法定奖励报酬标准作为一个重要依据，以支持自己的主张或者反对对方的主张。但法定标准仅仅是一个参考因素，约定数额是否合理仍然要综合考虑上述多种因素。目前，对合理性的认定呈现出鲜明的个案特色。
实践中，还出现另一个问题，在单位与发明人之间没有约定或者约定无效的情况下，是否直接适用法定标准的问题。上海高院认为，在约定无效时，应当依据案件的具体情况确定合理的奖酬，而不是直接适用法定标准的奖酬。因为已经有了约定，就排除了法定标准的适用，只是法院认为约定的奖酬不能满足《专利法》第十六条关于合理性的要求，故应当由法院根据具体案情确定一个合理的奖酬标准。在没有约定的情况下，应当依据相关法律规定的标准来确定职务发明的奖励报酬，这一点基本没有争议。但是无论是《专利法实施细则》还是《职务发明条例草案》，规定的都是最低法定标准，问题在于，在约定无效或者没有约定的情况下，法院能否在最低法定标准之上认定奖励报酬的具体数额。司法实践中，各法院在这一问题的处理上还未形成统一标准。
对此我们认为，由于不同行业具有不同的研发特点，单位与发明人对于发明创造研发的贡献率也有不同。由于单位与发明人之间没有就奖励报酬进行明确的约定，在法律规定了奖励报酬数额的法定最低标准的情况下，法院可以根据个案的不同情况，具体确定奖励报酬的数额。之所以规定奖励报酬的最低标准，是为了确保对发明人最基本的保障，但如果采用没有约定即全部按照法定最低标准进行判付的同质性处理模式，会严重损害职务发明人应当享有的权益。允许法院在个案中根据不同的情况确定合理的判付标准，并没有超出法律赋予法官的自由裁量权的范围，同时也能够更好的发挥司法能动性，实现个案正义。
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