职务发明奖励报酬制度的约定优先原则充分体现了对企业经营自主性的尊重，赋予了企业在一定限度内根据自身需求制定相关奖酬标准的权利。但是，这一规定是基于契约自由的精神，把单位与职务发明人的地位假设为完全平等，能够独立对等的展开谈判，达成合意。事实上，这种假设在实际操作中往往很难成立。类似劳动合同，由于员工与公司之间存在雇佣与被雇佣的不平等关系，员工缺乏议价能力，处于明显劣势的谈判地位，员工与公司之间就职务发明的奖励报酬所达成的协议可能是不公平的。法院在审判过程中也往往会对上述约定的效力进行认定。
关于单位与发明人之间的约定是否具备法律效力的问题。我们认为，一般情况下，双方自愿签订依法成立的合同应当确认为有效，对双方有拘束力。但我国合同法五十二条和五十四条规定的合同无效和可撤销可变更的情形除外。而且主张合同无效或者可撤销可变更者应当就其主张承担举证责任。
对于单位制定的规章制度的效力问题，则应当根据我国劳动合同法的相关规定予以认定。我国《劳动合同法》第四条规定，“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。”如果单位在制定规章制度时没有协商过程，没有遵循相关程序，比如没有经过职工代表大会讨论等，就可以认为单位与员工之间没有就职务发明报酬事宜达成一致意见，相应的规章制度应当无效，对双方没有拘束力。
另一问题是，如果单位与发明人事先约定的奖励报酬低于法律规定的最低标准，此类约定是否有效?我们认为，即使单位与发明人的约定低于《专利法实施细则》等相关规定要求的最低标准，也不能据此认为该约定是绝对无效的。因为职务发明奖励报酬制度之所以设定约定优先的原则，就是考虑到不同行业领域具有不同的研发特点，对职务发明人的激励方式和程度也各不相同，应当允许单位与发明人就奖励报酬进行约定，只要约定符合“合理”这一原则要求，即使其低于法定最低标准，也应当承认该约定的效力。上海高院知产庭在2013年发布的《职务发明创造发明人或设计人奖励、报酬纠纷审理指引》中指出，“法定的最低标准是职务发明创造所在单位必须履行的义务，但在法定最低标准以上支付奖金或者报酬，则不是法定的义务。当然，单位根据其自身特点与需要，与发明人、设计人协商或者在规章制度中规定高于法定最低标准支付奖金或者报酬，是完全可以的，这是单位的经营自主权，法院在司法审判中也多采取这一观点。
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