《孙子兵法.谋攻》曰：“不战而屈人之兵，善之善者也”。既然税务争议的本质是纳税人/扣缴义务人与税务机关就税务事项的分歧，那么在税务机关就某项涉税事项提出疑问时，企业如果能够通过充分的资料准备和准确的意见阐述，说服税务机关认同己方的观点和税务操作，当然是最佳的争议解决方式。
但更多的情况是，税务机关可能会开展正式调查程序，对纳税人/扣缴义务人的税务事项进行检查，即进行税务稽查。税务稽查由税务局稽查局实施，主要职责是对纳税人、扣缴义务人和其他涉税当事人履行纳税义务、扣缴义务情况及涉税事项进行检查处理，以及围绕检查处理开展的其他相关工作。税务稽查应严格按照征管法和《税务稽查工作规程》开展。上述法律法规在规范税务机关稽查程序、规定纳税人/扣缴义务人义务的同时，也赋予了纳税人/扣缴义务人应对税务稽查的相关权利，尤其是纳税人/扣缴义务人享有就相关涉税问题进行陈述、申辩的权利，并对税务行政处罚享有依法申请听证的权利，这为纳税人/扣缴义务人在税务稽查阶段解决税务争议提供了正当的渠道。
如何在应对税务稽查时合法、合理而充分地利用上述权利，不仅依赖纳税人/扣缴义务人对于涉税实体问题的理解以及相关证据材料的搜集与准备，也考验着纳税人/扣缴义务人对税务稽查程序的熟稔程度。
除了针对一般涉税事项的税务稽查，对于企业涉及的国际税务事项(如转让定价或反避税事宜)，税务机关也可能开展转让定价调查或一般反避税调查。应对此类税务争议，对企业的国际税务业务能力提出了很高的要求。
税务机关可经稽查程序或转让定价调查/反避税调查程序做出正式的税务行政处理或处罚决定。如果纳税人/扣缴义务人不服，可通过税务行政复议或税务行政诉讼寻求法律。过去很长一段时间，税务行政复议和税务行政诉讼给人以一种“流于形式”的印象，纳税人/扣缴义务人难以通过复议或诉讼取得有利的结果，普遍对于行政复议或诉讼信心不足。但我们近年来的执业体会是，随着我国法制环境的不断进步以及相关行政、司法队伍整体素养的提高，纳税人/扣缴义务人通过税务行政复议或税务行政诉讼捍卫自身权利，已经从近乎不可能成为可能，且机会越来越大，也出现了越来越多纳税人胜诉的案例。根据我们的经验，影响税务行政复议/诉讼成败的因素有很多，而取得成功的关键是准确分析案件事实和争议焦点，掌握利用复议/诉讼程序要点，运用适当的复议/诉讼策略，并发挥复议/诉讼技巧。
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