地理标志证明商标并非新鲜事物，随着市场经营者知识产权保护意识的提高，不但有越来越多的适格主体申请注册地理标志证明商标，他们也在逐渐尝试利用法律的武器来保护自己的地理标志和证明商标。
第一，地理标志证明商标保护商标对产品特定来源和品质的识别功能，不需具备一般注册商标必需的显著性。
“西湖龙井”、“章丘大葱”、“平和琯溪蜜柚”、“舟山带鱼”，这些标识若作为一般商标注册，显然存在显著性方面的问题使之有不被核准的风险。然而，地理标志证明商标保护的是该商标对于特定产品的特定品质和来源的识别性，而无所谓产品的来源，所以显著性不如一般商标并不影响其商标的功能。实际上，地理标志证明商标侵权诉讼的特殊之处或多或少都来源于此。
第二，权利人应当提交经公告的管理规则，以确定地理标志证明商标的保护范围。
作为上一条特征的结果，权利人应当在诉讼中主动提交在申请注册前已在商标局登记并公告的管理规定，以确定地理标志证明商标切实的保护范围，即该商标到底证明了哪个产地，和/或哪种品质。
第三，牢牢抓住地理标志证明商标的保护功能，应对被控侵权人抗辩。
目前，有许多地理标志证明商标在注册前就因相关商品的品质优良或历史悠久而被广泛使用，所以，在诉讼中可能会产生一种奇特的现象：被控侵权人使用商标的时间早于，甚至远早于地理标志证明商标的注册时间。
如果此类现象发生在一般商标上，会对商标的保护产生两大隐患：
一方面，若被控侵权人在商标注册前就使用了商标并有一定影响，那么他们可能有权继续使用该商标而不构成侵权，更有甚者，被控侵权人可能反过来主张商标抢注，而对注册商标提起无效宣告程序，最终消灭商标权。
另一方面，由于地理标志证明商标表面上缺乏一般商标那样的显著性，被控侵权人还可以宣称自己合理使用或描述性地使用商标，从而仍不构成侵权。
不过，只要牢牢抓住地理标志证明商标保护特定来源和品质的特征，上述抗辩风险即可迎刃而解。也就是说，只要被控侵权人无法证明其商品具有地理标志证明商标管理规则中规定的特定来源和品质，那么无论其使用历史有多“悠久”或者使用方式显得多么正当，都不免败诉。
第四，对被控侵权人而言，其合法来源抗辩应针对被控侵权产品，而不是产品生产商是否经过授权。
地理标志证明商标的权利人不营利，也不可直接使用商标，根据法律规定，权利人只能，也必须授权给符合其商标管理规则规定条件的产品的生产商，并限定其只在该特定产品上使用。认为，基于这一特点，被控侵权人在应对地理标志证明商标的侵权主张时，抗辩重点应转移到其商品是否符合商标管理规则规定的条件(或至少贴附防伪商标作为初步证据)，而不应纠缠于商品的生产商是否曾经或者目前被授权使用过地理标志证明商标：对地理标志证明商标而言，只要使用了商标的具体产品不符合商标的要求，哪怕其生产商经过授权，也仍构成商标侵权。