合同性质的认定不能仅凭其目的和功能，而应当依据其构成要件和法律特征来判断。在为消费信贷的金融债权提供信用保障方面，保证保险虽然具有与保证相似的经济功能，但不能仅仅因经济功能的相似而将两者等同。同时，保证保险是财产保险的一种，但与一般的财产保险相比有重大的区别。
根据《担保法》关于“主合同无效，从合同亦无效”的原则，保证合同是从属合同，如果作为基础关系的借款合同无效，作为从合同的保证合同亦无效。然而，保证保险合同是一项独立的财产保险合同，并不是借款合同的从合同，其合同效力不受基础法律关系效力的影响。保证保险合同的效力受《保险法》调整并依据相关保险法规对合同效力作出认定，投保人与保险人就保险事项达成合意，保险合同即成立生效。
由于保证保险合同产生的根本目的在于为保障债权人的利益，在其功能特征中结合了保证与保险对债权人的双重保障的优势，其一方面体现了保证合同的保证功能，另一方面又借助保险合同为债权人设定了保险求偿权，从而使债权的实现有了更可靠的保障。如果无视保证保险合同的独立性，径行适用“主合同无效，从合同亦无效”的担保法原则来否认保证保险合同效力，则等于用担保法规范来否认保险法制度。故保证保险合同归根结底仍属于保险合同的范畴，只不过其直接所体现的功能是保证性作用。在保证保险合同制度中，保险人承担理赔责任的条件是保险理赔条件是否满足，而不是从保证合同的规则出发去审查基础借款合同与保险合同的效力。
此外，在保证合同关系中，合同当事人是债权人与保证人，与债务人无关；在保证保险合同关系中，合同当事人是债务人（投保人）与保险人，与债权人无关。故保证保险合同的无效一般与债权人无关，不能要求被保险人（债权人）承担保证保险合同无效的责任，不能适用担保法司法解释关于从合同无效，担保人应按比例承担按份责任的规定，而由保险人和投保人向被保险人（债权人）承担全额缔约过失赔偿责任。
因此，保证保险合同不同于保证合同的关键在于，保证保险合同是一份独立的合同，保险事故发生后，保险人应当独立地承担理赔责任，而不得以主合同、从合同等存在效力瑕疵进行抗辩，亦不得以债权人存在其他优先受偿途径而拒绝理赔。
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