考虑到指定居所监视居住可能会对犯罪嫌疑人、被告人的人身自由权造成较大的影响，刑事诉讼法和相关解释设置了特殊的程序，包括:
(1)指定居所监视居住的，除无法通知的以外，应当在执行监视居住后24小时以内，通知被监视居住人的家属，通知的内容包括指定居所监视居住的原因和地点。无法通知的具体情形包括:
①犯罪嫌疑人、被告人不讲真实姓名、住址、身份不明的:
②没有家属的:
③提供的家属联系方式无法取得联系的:
④因自然灾害等不可抗力导致无法通知的。
(2)由人民检察院对指定居所监视居住的决定和执行是否合法实行监督。
(3)指定居所监视居住应当折抵刑期:被判处管制的，监视居住1日折抵刑期1日;被判处拘役、有期徒刑的，监视居住2日折抵刑期1日。
被监视居住人的义务以及违反义务的处理
根据《刑事诉讼法》第77条的规定，被监视居住的人在监视居住期间应当履行以下义务:
(1) 未经执行机关批准不得离开执行监视居住的处所。
所谓“处所”，包括犯罪嫌疑人、被告人的住处，也包括办案机关为其指定的执行监视居住的居所。
如果被监视居住人有正当理由要求离开处所，必须经过公安机关批准。人民法院、人民检察院决定监视居住的，公安机关在作出批准决定前，应当征得决定机关同意。
(2)未经执行机关批准不得会见他人或者通信。
这里的他人是指与被监视居住人共同居住的家庭成员和辩护律师以外的人。被监视居住的犯罪嫌疑人、被告人会见辩护律师不需要经过批准，但危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件除外。被监视居住人如果要会见他人，必须经过执行机关批准方能会见。
(3)在传讯的时候及时到案。
(4)不得以任何形式干扰证人作证。
(5)不得毁灭、伪造证据或者串供。
(6)将护照等出人境证件、身份证件、驾驶证件交执行机关保存。
被监视居住的犯罪嫌疑人、被告人有违反上述义务情形，情节严重的，可以予以逮捕;需要予以逮捕的，可以对犯罪嫌疑人、被告人先行拘留。
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