虽然在股票质押式回购纠纷案件中，通过实现担保物权特别程序可以达到快速处置质押股票的目标，但同时该程序也存在一定的法律风险：
1、不能及时对质押股票采取保全措施的风险。
虽然《民事诉讼法司法解释》第三百七十三条明确规定，法院在受理申请后，申请人对担保财产提出保全申请的，可以按照《民事诉讼法》关于诉讼保全的规定办理。但实践中，仍存在很多承办法官认为实现担保物权特别程序本身就具有担保物权的优先权，而且实现担保物权特别程序的期限仅为短短的1个月，完全没有必要进行保全而不予配合。此种情况下，则存在导致资金融入方错失质押股票首封权的可能，从而丧失对质押股票的处置主导权。
2、被裁定驳回的风险。
此类风险因个案情况不同而有所差异，综合来看，由于立法关于实质性争议的规定较为笼统，司法实践对此问题的判断亦无明确的划分标准，案件是否存在实质性争议难以事先有效预测。一些案例中，在资金融入方积极配合融出方法律行动的情形下，通过实现担保物权特别程序成功对质押股票进行司法处置的可能性较大。若资金融入方配合意愿不强，股票质押式回购纠纷案件中又基本涉及多个需要法官行使自由裁量权方能确定最终结果的事项，一旦资金融入方提出异议，往往导致申请实现担保物权特别程序被裁定驳回，使得融出方为此作出的努力付诸东流，反而增加诉累。
3、不能足额获得清偿的风险。
因近两年股市低迷等原因，多家上市公司股价惨遭“腰斩”，质押股票价值连续出现下滑，虽然质押股票中流通股占多半，但其中多为限售流通股，通过司法处置程序进行拍卖、变卖，其评估价值通常大打折扣，存在资金融出方通过实现担保物权特别程序后仍然不能获得完全清偿的可能。
4、效力范围仅及于质押股票，或诱发被申请人及时转移其他财产的风险。
由于实现担保物权的裁定内容限于处置质押股票，而无要求资金融入方履行其他给付债务的义务。所以，在执行此类裁定时，即便质押股票不能完全清偿债务，也不宜对除质押股票以外的其他被执行人的财产或被执行人本身采取其他强制执行措施。此种情况下，则存在被申请人在资金融出方另行向法院申请对被申请人其他财产采取保全措施之前将其转移的风险。
随着各地方法院对于股票质押式回购纠纷案件适用实现担保物权特别程序的接受度不断加深，以及最高院会同证监会开展的通过网络查询、冻结被执行人证券试点工作的开展，通过适用担保物权特别程序实现质押股票的司法处置的前景越来越明朗，该类型案件的执行效率也越来越高，这是有利方面。但如前述内容，股票质押式回购纠纷案件适用实现担保物权特别程序的法律风险仍客观存在，不容忽视。在具体案件中究竟是否需要采用该程序实现目标，建议聘请专业律师结合具体个案情况进行综合分析、判断。
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