一、违法转包工程合同无效如何处理
当违法转包工程合同被认定无效后，通常可按以下方式处理：
（一）返还财产。实际施工人应向转包人返还基于无效合同取得的财产，转包人也应返还实际施工人已支付的相关款项等。比如实际施工人交付的保证金等，转包人需予以退还。
（二）折价补偿。若工程已经施工，对于实际完成且质量合格的工程部分，转包人应参照合同约定支付工程价款。因为实际施工人投入了人力、物力进行建设，其劳动成果应得到合理补偿。
（三）赔偿损失。因转包行为导致合同无效，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。例如，因转包造成工程延误产生的额外费用等损失，需根据过错程度分担。
此外，若涉及违法转包情节严重的，相关责任主体还可能面临行政处罚。同时，人民法院在审理此类案件时，会综合考虑各种因素，以维护建筑市场的正常秩序和各方合法权益。
二、一般工程合同逾期如何扣违约金
工程合同逾期扣违约金的方式通常有以下几种情况：
（一）按照合同约定执行。如果合同中明确规定了逾期违约金的计算方式和标准，比如约定每日按照合同金额的一定比例支付违约金，那么就应严格按照此约定来扣除。只要该约定不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
（二）若合同没有约定或约定不明确，可参照相关法律法规和行业惯例。一般来说，要考虑违约行为给对方造成的损失，包括直接损失和间接损失。例如因工程逾期导致后续工程无法按时开展而产生的额外费用等。通常以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则来确定违约金数额。
（三）违约金的扣除上限问题。虽然法律允许当事人自行约定违约金，但如果约定的违约金过高或过低，当事人可以请求法院或仲裁机构予以适当调整，以避免显失公平的情况出现。
三、民法典工程承包合同需注意什么
签订民法典下的工程承包合同，需注意以下要点：
（一）主体资格审查。发包方需具备相应的建设项目审批手续及资金支付能力，承包方要有符合资质等级要求的施工资质，避免因主体不适格导致合同无效。
（二）合同条款明确。明确工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、双方相互协作等条款。其中，质量条款要符合相关标准和规范，造价条款应明确计价方式和调整方法。
（三）风险分担约定。对工程施工中的各类风险，如不可抗力、物价波动、政策调整等风险的承担主体和承担方式作出明确约定，防止后续出现纠纷。
（四）违约责任清晰。规定双方在履行合同过程中出现违约行为时应承担的责任，包括违约金的数额或计算方法等，以保障合同的顺利履行。
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来源：临律-民法典工程承包合同需注意什么，民法典关于承包合同的法条