1.村民会议不能决定腾退
目前的农村集体土地腾退均声称其合法性来源于《中华人民共和国村民组织法》第24 条:涉及村民利益的下列事项，经村民会议讨论决定方可办理:其中第(六)项:宅基地的使用方案;第(七)项征地补偿费的使用、分配方案;第(九)项村民会议认为应当由村民会议讨论决定的涉及村民利益的其他事项。
各村集体根据上述规定，认为本村的腾退涉及的宅基地的使用及补偿费涉及村民重大利益，应当召开村民会议。然而根据《中华人民共和国村民委员会组织法》第27条规定:村民自治章程、村规、民约以及村民会议或者村民代表会议的决定不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得有侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容。
2.村委会无权实施腾退
根据《土地管理法》第44条规定: 建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。根据项目的不同规模，较大的由国务院批准、其余由省、自治区、直辖市人民政府批准或由市、县人民政府批准。”同时，第46条规定:“国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。”可见村委会并无权对于集体土地进行征收。
3.村委会的违法拆迁行为应受处罚
根据《北京市集体土地房屋拆迁管理办法》第25条规定:违反本办法第七条规定，未取得房屋拆迁许可证擅自实施拆迁的，由市或者区、县国土房管局责令停止拆迁行为，处1万元以上3万元以下罚款。”即村集体以村民委员会会议的形式进行违法拆迁也是应当受到处罚的。
从以上规定均可见村集体并非是法定的土地征收主体，也无权对于集体土地进行征收。以村委会的决议进行集体土地的拆迁也明显与上位法相抵触。所以，无论是村委会还是腾退指挥部，都无权组织和实施腾退，故而村委会未经合法程序自行强拆村民房屋的，村民有权采取法律手段维护自身的合法权益。
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