一、建筑工程承包合同被否定后应该怎么办
建筑工程承包合同被否定后，可按以下方式处理：
（一）返还财产。已履行部分，如发包方已支付工程款，承包方应返还；承包方已投入的材料、设备等，发包方应返还。不能返还或没必要返还的，应折价补偿。
（二）赔偿损失。若因一方过错导致合同被否定，过错方应赔偿对方因此遭受的损失。例如，因发包方未办理合法建设手续致使合同无效，发包方应赔偿承包方的合理投入损失；若承包方不具备相应资质导致合同无效，承包方需赔偿发包方的相关损失。
（三）收缴非法所得。如果当事人通过签订无效合同取得非法利益，有关部门会依法收缴。比如承包方通过不正当手段获取工程并获利，该部分非法所得将被收缴。
此外，若建设工程经竣工验收合格，承包方请求参照合同约定支付工程价款的，法院一般会予以支持；若不合格且无法修复，发包方可不支付工程款。相关当事人应根据具体情况，妥善处理后续事宜，维护自身合法权益。
二、民法典建筑工程合同纠纷诉讼时效是多久
根据《中华人民共和国民法典》相关规定，建筑工程合同纠纷的诉讼时效为三年。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在建筑工程合同纠纷中，当一方发现对方存在违约行为，如未按约定完成工程建设、工程质量不符合要求、拖欠工程款等，且知道具体的违约方时，诉讼时效开始起算。
不过，需要注意的是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。此外，如果在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止。待中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。若当事人一方提出要求或者同意履行义务，会导致诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。
三、建设工程合同纠纷可以约定管辖法院吗
建设工程合同纠纷可以约定管辖法院，但需要符合一定的法律规定。
一方面，根据相关法律，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。在建设工程合同纠纷中，当事人可以在上述法定范围内协商确定管辖法院。
另一方面，需要注意的是，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，属于专属管辖范畴。即建设工程施工合同纠纷由不动产所在地人民法院管辖，这是不能通过约定来改变的。对于其他类型的建设工程合同纠纷，只要不违反专属管辖和级别管辖规定，约定管辖是有效的。
总之，建设工程合同纠纷在一定条件下可以约定管辖法院，当事人在签订合同时应明确、合理地约定管辖条款，以避免后续纠纷在管辖问题上产生不必要的争议。
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