1. 原告主体不同
社会组织提起环境民事公益诉讼的原告主体是依法在设区的市级以上人民政府民政部门登记，并且专门从事环境保护公益活动连续五年以上且无违法记录的社会组织;
检察机关提起环境公益诉讼的原告主体则是检察机关;
生态环境损害赔偿诉讼的原告主体是省级、市地级政府(包括直辖市所辖的区县级政府)以及其指定的部门或机构。
2. 被告主体不完全相同
社会组织提起环境民事公益诉讼的被告主体是污染环境、破坏生态，损害社会公共利益的民事主体;
生态环境损害赔偿诉讼的被告主体是赔偿义务人，即违反法律法规，造成生态环境损害的单位或个人，但是各地区可根据需要扩大生态环境损害赔偿义务人范围，并提出相关立法建议;
检察机关提起环境民事公益诉讼的被告主体与社会组织提起民事公益诉讼相同，但检察机关提起环境行政公益针对的是负有监督管理职责的行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的行政行为，因此检察机关提起环境行政公益诉讼的被告主体是行政机关。
综上，社会组织提起环境民事公益诉讼、检察机关提起环境民事公益诉讼以及生态环境损害赔偿诉讼的被告主体本质上是相同的，都是针对造成我国环境污染或者生态环境损害的民事主体，但是检察机关提起的环境行政公益诉讼的被告主体则是违法行使职权或者不作为的行政机关。
3. 适用范围不完全相同
社会组织提起的环境公益诉讼、检察机关提起的环境民事公益诉讼以及生态环境损害赔偿诉讼的适用范围大体上是相互包含或者重合的，都是适用于损害社会公共利益的污染环境或者破坏生态的民事主体行为。而检察机关提起的行政公益诉讼的适用范围只是适用于负有监督管理职责的行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的行政行为。
4. 起诉时间和条件不同
根据《解释》第一条规定，针对已经损害社会公共利益或者具有损害社会公共利益重大风险的污染环境、破坏生态的行为，社会组织可以提起环境公益诉讼。因此在起诉时间上，社会组织既可以在损害发生前，也可以在损害发生后提起环境公益诉讼。在起诉条件上，社会组织可以在已经发生社会公共利益损害的条件下，或者虽然损害还没有发生，但是对于具有重大损害社会公共利益风险的行为提起环境公益诉讼。
根据《改革方案》规定，首先，生态环境损害赔偿诉讼在时间上要开始于生态环境损害发生之后。其次，生态环境损害赔偿诉讼具有磋商的前置程序，即在生态环境损害发生之后，赔偿权利人应当组织开展生态环境损害调查、鉴定评估、修复方案编制等工作，并根据生态环境损害鉴定评估报告首先与赔偿义务人进行磋商以达成赔偿协议，只有在双方就生态环境损害赔偿进行磋商而未达成一致的情况下，赔偿权利人及其指定的部门或机构才有权提起生态环境损害赔偿民事诉讼。
对于检察机关提起的环境民事公益诉讼，检察机关在履行职责中发现损害社会公共利益的行为后，只有在没有法律规定的机关和组织起诉，或者法律规定的机关和组织不起诉的情况下，检察机关才可以向人民法院提起诉讼。
对于检察机关提起的环境行政公益诉讼，检察机关在发现损害社会公共利益的行为后，首先应当向行政机关提出检察建议，督促其提起民事公益诉讼、依法履行职责。只有在行政机关不依法履行职责的的条件下，检察机关才应依法向人民法院提起诉讼。
综上，检察机关提起的环境行政公益诉讼和生态环境损害赔偿诉讼都需要履行诉前程序，只有在经过诉前程序，并符合特定的条件才可以提起诉讼;而社会组织提起的环境公益诉讼不具有诉前程序，符合法定条件的社会组织可以在损害发生前或者损害发生后针对具有重大损害社会公共利益风险的行为或者损害社会公共利益的行为提起环境公益诉讼。
5. 诉讼请求不同
社会组织提起的环境民事公益诉讼和检察机关提起的环境民事公益诉讼中,由于被告都是造成环境污染或者生态环境损害的民事主体，因此诉讼请求也比较类似，一般都是要求被告停止侵害、消除危险、恢复原状、赔偿生态环境修复费用和损失、公开赔礼道歉以及支付律师费和诉讼费等主张。
对于检察机关提起的环境行政公益诉讼,由于其针对的是行政机关未依法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的行政行为，因此检察机关的诉讼请求一般都是要求行政机关依法履行职责。
在生态环境损害赔偿诉讼中，从目前我国生态环境损害赔偿诉讼的实践案例来看，虽然省级、市地级政府作为赔偿权利人的最终目的还是为了修复受损的生态环境，但是考虑到生态环境损害赔偿诉讼是赔偿权利人与赔偿义务人在诉前磋商程序中针对修复以及责任承担等一系列问题没有达成一致才提起的诉讼，因此赔偿权利人在生态环境损害赔偿诉讼中对被告的诉讼请求主要集中在让被告支付生态损害修复费用和律师费及诉讼费用，从而来进行替代修复。
6. 实现目的手段不同
虽然不同主体提起的环境公益诉讼和生态环境损害赔偿诉讼的最终目的都是为了防止生态环境等国家利益和社会公共利益受损，但是三种诉讼制度的侧重点，即实现目的的手段是不同的。
社会组织提起公益诉讼侧重于通过对损害社会公共利益的民事主体进行民事制裁，并对受损全体或者被破坏的环境进行救济或修复来实现最终目的;
生态环境损害赔偿诉讼侧重于通过督促省级、市地级政府与赔偿义务人进行磋商以及提起诉讼来对已经发生的生态环境损害进行修复;
检察机关提起环境公益诉讼则侧重于通过对行政机关所作出的行政行为进行法律监督和约束来保障和促使行政机关依法行使权力，从而防止国家利益和社会公共利益受损。
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