一、工程款抵房款协议合同是否有效?
有效。
以工程款抵房款的房屋买卖协议的签订也遵循了自愿、平等原则，该协议合法有效，不违反法律、法规的强制性规定。协议涉及的“以工程款抵房款”恰是双方对各自享有的权利的处分，是确定双方之间权利义务关系的依据。
二、遇到工程款纠纷?找律师!
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三、工程款支付担保费用由谁承担
工程款支付担保费由建设单位承担。建设单位与施工总承包单位依法订立书面工程施工合同，应当约定工程款计量周期、工程款进度结算办法以及人工费用拨付周期，并按照保障农民工工资按时足额支付的要求约定人工费用。
【法律依据】
《保障农民工工资支付条例》第二十四条
建设单位应当向施工单位提供工程款支付担保。
建设单位与施工总承包单位依法订立书面工程施工合同，应当约定工程款计量周期、工程款进度结算办法以及人工费用拨付周期，并按照保障农民工工资按时足额支付的要求约定人工费用。人工费用拨付周期不得超过1个月。
建设单位与施工总承包单位应当将工程施工合同保存备查。
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