一、基本农田上建厂怎么办合法
基本农田是受到严格保护的，一般情况下不允许在其上建厂。
然而，如果要在基本农田上建厂并使其合法，需要经过一系列严格的审批程序。首先，需向当地国土资源部门提出申请，说明建厂的必要性和合理性，以及对基本农田的影响评估等。其次，要经过农业、环保等多个部门的联合审查，确保建厂不会对基本农田的农业生产功能造成不可挽回的损害，且符合环保要求。最后，获得相关部门的批准文件后，还需按照批准的规划和要求进行建设，并且在建设过程中要接受相关部门的监督检查，确保建设行为合法合规。总之，在基本农田上建厂是一个极为复杂且严格的过程，必须依法依规进行。
二、被国家征收的农田怎么处理
被国家征收的农田通常会按照相关法律法规进行处理。
1. 用途变更：一般会根据城市规划、基础设施建设等需要，将其用于非农业用途，如建设工业园区、道路、学校等公共设施。
2. 补偿安置：国家会给予农民相应的土地征收补偿，包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费等，以保障农民的合法权益。
3. 后续管理：征收后的农田由相关部门进行统一管理和规划，确保土地的合理利用和开发。在建设过程中，也会遵循环保等相关要求，避免对环境造成不良影响。
总之，国家征收农田是为了公共利益的需要，在处理过程中会充分考虑农民的利益，同时确保土地的合理利用和可持续发展。
三、被征收农田上有房屋怎么办
被征收农田上有房屋时，通常需要根据具体情况进行处理。
1. 合法房屋：如果房屋是合法建造且有相关产权证明，在征收过程中，房屋所有者应与征收部门就房屋的补偿问题进行协商，包括房屋的价值评估、搬迁费用、临时安置费用等。征收部门会按照相关法律法规和政策规定，给予合理的补偿。
2. 违法建筑：对于违法建筑，一般不予补偿。违法建筑是指未经法定审批程序建造的房屋，如在耕地上擅自建设的房屋。征收部门会依法责令房屋所有者在规定时间内自行拆除违法建筑，逾期不拆除的，将依法强制拆除。
3. 历史遗留问题房屋：对于一些历史遗留问题的房屋，如因历史原因导致房屋手续不全等情况，需要根据具体情况进行个案处理。可能需要相关部门进行调查核实，依据法律法规和政策的精神，综合考虑各种因素，给予适当的补偿或解决方案。在处理过程中，房屋所有者应积极配合征收部门的工作，提供相关证据和材料，以维护自身合法权益。
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来源：中国法院网-被征收农田上有房屋怎么办，农田能被征用开发房地产么