在现实的征地拆迁活动中，很多农村的土地及房屋早就已经被批准征收，然而，出于各种各样的原因，拆迁方对该集体土地上的房屋一直未进行补偿，被拆迁人也就一直还居住在原来的房屋。等过了几年，等到房屋征收部门给被征收人补偿安置时，该部分房屋所在的地方早已纳入城市规划区，也就是说该地块房屋价格也已经完全赶上周边城市商品房的价格，如果还按农村集体土地上附着物的标准给予补偿，就没有办法保障被拆迁人应有的居住条件。为此，最高人民法院也针对这样的情况作出了相关的司法解释。
《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第十二条第二款规定，征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
最高人民法院的这款规定显然是合理的，这个解释的目的在于避免同一块地域内原来属于集体土地上房屋征收补偿标准低于国有土地上房屋征收补偿标准，充分保障原集体土地上房屋被征收人的合法权益，这样才更加公平，也可以减少不必要的纠纷。我们知道，国有土地和集体土地，在法律上性质是不一样的，因此，对集体土地上房屋进行征收时，其补偿肯定是没有办法直接适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》的。但是可以根据现实情况，如果房屋所在的土地已经列入了城市规划区，那么按照农村集体土地来进行补偿，就无法保障被征收人的合法利益。因此，最高人民法院就规定，对于农村集体土地上的房屋在补偿时已经纳入城市规划区的，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的补偿标准给予被征收人补偿。
同时，我们还需要注意的是，参照也并不等于完全适用，这是因为两者还是有所差别的。征收国有土地上的房屋时，征收补偿款是包括土地本身的地价在内的。因此，如果征收农民集体土地时已经对土地进行了补偿，那么按照国有土地上房屋征收补偿标准对其补偿时，应当扣除已经取得的土地补偿费。
综上所述，在集体土地征收过程中，如果该地块已经列入了城市规划区，或者因为种种原因，未同时对被征收的集体土地上的房屋进行征收补偿，经过若干年后，原坐落于集体土地上的房屋所在区域已经被纳入城市规划区，基本实现了城镇化，此时再对原集体土地上的房屋实施征收，应当参照国有土地上房屋征收补偿标准予以安置补偿。之所以做这样的规定，其目的也是在于避免同区域内原集体土地上房屋征收补偿标准低于国有土地上房屋征收补偿标准，充分保障原集体土地上房屋权利人的合法权益。
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