停止侵权是终结侵权人正在持续进行侵权行为的必然选择，通过判决停止侵权结束侵权者的侵权能力，为权利人面向市场赢得宝贵的市场机会，停止侵权是维护权利人的核心权利之所在。因此，在绝大多数知识产权侵权诉讼中，停止侵权是原告方的诉讼请求之一，当然停止侵权责任与其他责任承担方式和制度有着诸多关联。
1.停止侵权与损害赔偿
停止侵权与损害赔偿是两种民事责任的承担方式，二者可以同时适用，并不存在冲突。“停止侵害与损害赔偿最根本的区别在于，前者是预防性措施，后者是补偿性措施。”停止侵权对应的是侵权行为正在实施或者即将实施，即存在侵权行为就有适用停止侵权的必要。损害赔偿对应的是给予权利人以补偿，弥补其损失。侵权人实施了侵权行为，但并不一定承担损害赔偿责任，例如著作权法和专利法中的“合法来源”抗辩。
防御请求权包括停止侵权，作为一种防御和保护的手段，权利人会在诉讼请求中予以明确，法院在判决文书中需要就停止侵权的诉讼请求予以阐述。但考虑到社会公众利益、权衡双方利益损失，司法实践中认可了以损害赔偿替代停止侵权的裁判。例如在动画片“大头儿子小头爸爸”著作权侵权纠纷案件中，在认定构成侵权的前提下，法院基于社会公众利益保护、公平原则及相关作品背景因素的情况下，以提高赔偿额的方式作为停止侵权责任的替代责任。这也与最高人民法院印发《关于当前经济形势下知识产权审判服务大局若干问题的意见》第十五条“充分发挥停止侵害的救济作用，妥善适用停止侵害责任”的规定是一致的。以上意见和司法裁判充分考虑了知识产权保护客体的特性，保护社会公正利益和公平原则，是以提高赔偿替代了停止侵权的责任。
2.停止侵权与惩罚性赔偿
“惩罚性赔偿，是相对补偿性赔偿、填平性赔偿或者掏空性赔偿而言的，是指侵权人给权利人赔偿数额大于其因实施侵权行为给权利人造成实际损害的数额，或者其因实施侵权行为而获得的非法利益的数额，或者按照其他计算损失的方法所计算之数额的侵权责任。”该制度的设计是以增加金钱数额的力度以遏制侵权行为，其包含了停止侵权的预防性功能。我国2013年修订的商标法最先将这一制度纳入其中，第六十三条规定“对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上三倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支”。另外，已经进入修订程序的专利法和著作权法也有类似条款内容。
对于法院已经做出行为保全禁令、先行判决停止侵权以及一审未生效停止侵权判决后，被告持续实施的侵权行为，或者停止一段时间后再次实施的侵权行为能否直接适用惩罚性赔偿呢?惩罚性赔偿适用的一个最重要因素是侵权人实施恶意侵权行为，且达到情节严重。这里的恶意侵权和情节严重侧重考量的还是侵权人对于权利人权利的影响，是否使用惩罚性赔偿需要个案分析。当然侵权人不履行或者故意违背法院的停止侵权禁令或者一审未生效停止侵权判决的，可以作为惩罚性赔偿的考虑因素。
3.停止侵权与重复侵权
相较于其他类型的侵权而言，知识产权重复侵权较为普遍发生。如何规制重复侵权一直是司法机关和实务界所关注的重要问题。其中立法上，通过调整损害赔偿制度来推动对重复侵权的规制，例如提高法定赔偿数额，增加惩罚性赔偿等。原国家工商行政管理局《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》第八条规定“对侵权人拒不执行处罚决定，继续实施本规定第三条所列行为的，视为新的违法行为，从重予以处罚。”最高人民法院在2007年1月18日举行的全国法院知识产权审判工作座谈会上的讲话中指出：“对于停止侵权的生效裁判作出并采取执行措施后侵权人继续其侵权行为的，权利人可依法另行起诉追究其新发生行为的民事责任。”对生效判决后的重复侵权行为，权利人可以请求行政机关从重处罚侵权者，也可以提起新的侵权诉讼。
若被告的侵权行为持续到法院判决生效之后，或者在生效判决之后停止了，但不久再次实施相同侵权行为，那么权利人通过诉讼维权显然会增加我国司法的成本，有损司法权威，有损当事人利益。浙江省高级人民法院办公室印发《关于妥善处理知识产权重复侵权行为若干问题的纪要》的通知其中规定“裁判执行完毕后六个月内，侵权人再次实施相同侵权行为的，权利人可依据该裁判重新申请执行、要求停止侵权。权利人重新申请执行的，应当立一个新的执行案件。裁判执行完毕六个月后，侵权人再次实施相同侵权行为的，权利人应当提起新的诉讼来主张停止侵权。”该规定具有较好的借鉴意义。
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