一、初始证明责任在控方
控方才是一个刑事案件的开启者，所以刑事案件初始的证明责任必然是在控方。控方的证据需要达到一定的证明标准才能够证明可能有犯罪事实发生。控方需要收集的证据是依据犯罪构成四要件来确定的，四要件中，刑事立案对于主体、客观方面的证明要求比较高，对于主观方面的证明要求略低，而对于客体的要求，一般都是在证明客观方面的时候顺带证明或同时证明的。
二、辩方的待证事项依据控方的证明事项或待证事项来确定
如果控方没能完成基本的证明责任，一般来说就不会有刑事立案或者办案机关的询问，所以辩方的待证事项是依据控方的证明事项来确定的，是控方证明事项的反面。其中，控方已经证明的事项，辩方是必须举证的;控方待证的事项，辩方也可以举证。所以辩方对于一个刑事案件的证明责任并不必然地比控方轻，尤其是在立案侦查阶段。实践中，大部分当事人出罪的原因是通过不符合“主观方面”出罪的，这恰好对应了控方在主观方面上证明能力的局限。
三、事实及逻辑影响双方的证明责任
先前在《为什么越优秀的员工越容易被指控犯罪?》一文中提到过刑事(预)立案或刑事侦查阶段双方的证明责任是如何分配的。
1.控告人(公司)需要证明员工主体以及有非法占有的事实——员工入职表、员工身份证、款项从公司账户打到员工账户的银行流水、聊天记录等等;
2.员工需要证明自己不是非法占有：
(1)是公司让自己做这件事的——公司内部的沟通情况，譬如聊天记录、邮件、录音等等
(2)自己确实找了“关系”——关系人的身份、职位(证明有这个人甚至找到这个人)，自己把钱给“关系人”的证据等等。
在这个案例中，明显体现出如果不考虑“疑点利益归于被告”，员工的证明责任比公司的证明责任要重很多。原因是，这些材料对于公司而言都是非常容易获得的，但员工所需要的证明材料对于员工而言都非常难获得。但刑事诉讼比较残酷的一点是没有明确的举证责任倒置规定，也就是取证的难度很大程度上并不会影响证明责任的主体。因为按照正常逻辑，某个证据可能在某人做某事的时候产生，而其他人并不直接参与这件事，那么这个人等于这个证据的直接接触者，依照一般的逻辑，他/她必然对此负有证明责任。
所以刑事案件的证明责任是以事情发展的脉络为基础的。如果A要证明B有过某种犯罪行为，那么A的任务就是把和B的行为有关的所有的材料提供出来;而如果B要证明自己没有某种犯罪行为，B除了证明A的证据是假的之外，只能提供更多行为的细节，譬如提供证据证明做这个行为的时候，自己是怎么操作的。但证明一件事中有某些客观存在比较容易，证明一件事的细节，等于证明这件事的起因、经过、结果，就等于要找出完整的证据去还原这件事，所以辩方的证明责任其实并不小。
因此基础的证明责任分配并不是天然的“控方重于辩方”，因为在事实逻辑层面，一旦控方达到了基础的证明门槛，被控告人被刑事立案，证明责任就会自然地变成“辩方重于控方”。群众所认为的“控方的证明责任重于辩方”其实是一个经过人为调整的结果，这种结果和功利主义(害怕诉讼后期无法顺利进行)以及维护人权的原则(不想冤枉好人)都有一定关系。因此，“疑点利益归于被告”或类似原则实际上是在法治理念的基础上诞生的、为弥补纯粹依据自然逻辑产生的证明责任分配方式的不足而产生的。
因此，在很多案件中可能都会存在一个问题，就是不同的办案人员或同一个案件中的不同主体对“疑点利益归于被告”这件事的尺度，存在理解上的区别乃至分歧。在自然逻辑固定的情况下，最终是这个尺度决定了不同主体在刑事案件中最终应尽的证明责任。
但当不同主体对具体案件的“疑点利益归于被告”的尺度不同时，却往往以办案机关的认定为准。
这既是刑事辩护的痛点，也是刑事风控兴起的一个重要原因。
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