一、有投资协议能不能认定为股东
看协议怎么说。
如有规定签署入股协议并支付款项即可变身股东的，但若只是签约未进行工商变更或支付出资款，则无股东身份。
反之，若已支付出资款、签署协议且双方意愿真实，仅未办登记，事实上已经享有股东权益和责任，但未登记的股权对善意第三方无效。
二、有出资证明书和股东名册可以认定股东吗
鉴于股东之间内斗恶习以及“共享困厄时处境困难易如反掌，分享成功果实却艰难无比”这一令人深感遗憾的社会现象广泛存在于我国各个角落，因此在近几年来，国内的公司内部频繁出现争夺控制权和股权的情况，特别是那些盈利水平相对较高且为有限责任制的公司，这种纷争尤为突出。
长期以来，股东的身份真伪混淆不清、错综复杂，无疑会对公司的日常运营构成严重阻碍，使股东行使权利的成本大大增加，也打击了投资者的投资热情。
明确如何判断和确认股东资格具有极其重大的现实意义。
目前来看，用于证明股东资格的证据种类繁多，既有实际股东的出资证明文件，还有股权转让协议、公司章程、股东名册、出资证明文件以及经过官方备案的企业营业执照等各类材料。
值得关注的是，裁判机构需要根据这些五花八门的证据进行甄别选取，而非一概而论，笼统处理。
具体来讲，裁判机构应该将证明股东资格的证据划分为三个不同程度的层级：第一层次是源头性质的证据；第二层次则是达致法律效力的证据；最后一层次则是具有对抗效力的证据。
依《民事诉讼法》第63条第1款，证据包括八类：当事人的陈述;书证;物证;视听资料;电子数据;证人证言;鉴定意见;勘验笔录。
因此，认定股东资格的证据并非仅限于书证，更非简单地局限于出资证明书、股东名册与公司登记机关的登记资料。
三、有投资协议是不是可以认定为股东
在法律范畴内，能否被确认为股份持有人，需依据相关协议所做出的明确规定。
例如，若协议内容明确阐述交付资金款项之行为可视为自动成为公司成分股东，那么尽管签署了相关入股协议，但若未进行相应的公司注册变更手续，亦未实际缴纳任何资金，则不能被视为真正意义上的股东。
反之，若已完成出资款项的交付且签署入股协议后，双方意图表达清晰且真实，仅因未进行公司注册登记而未能正式获得股东权益与责任，此种情况下，实际上已经享有了作为股东应有的权利和义务。
需要注意的是，未经登记的股权无法对善意第三方产生对抗效力。
《中华人民共和国公司法》
第二十七条
股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。
第二十八条
股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。
股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
第二十九条
股东认足公司章程规定的出资后，由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关报送公司登记申请书、公司章程等文件，申请设立登记。
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