通常，被征收人和征收方签订的补偿协议系行政协议，该协议应是双方在自愿、平等的基础上签订的，因此兼具行政性和合同性双重属性，对于效力的审查也应从两方面入手：
一、行政性方面
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条规定，行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。
实际征收过程中，被征收人常常会遇到未批先占、以租代征等没有征地批文的情形，这些行政行为都是不符合法律程序的，被征收人不仅有权拒绝签订补偿协议，甚至可以直接拒绝征收。
当遇到上述情形或发现征收主体不具有征收主体资格时，即便是存在行政行为违法，被征收人的权利仍有救济途径，但被征收人在签协议时，仍然需要作出慎重选择。
二、合同性方面
《中华人民共和国合同法》第五十二条关于合同无效情形的规定，有下列情形之一的，合同无效：
1、一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
2、恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
3、以合法形式掩盖非法目的;
4、损害社会公共利益;
5、违反法律、行政法规的强制性规定。
提醒被征收人在签订补偿协议时，一定要注意补偿协议必须要有的条款是否全部列明，例如：征收方和被征收人的基本信息、房屋拆迁的依据、被拆迁房屋的基本情况、有哪些补偿、补偿的方式、搬迁期限以及违约责任等内容。
如果案件进入诉讼程序，法院对补偿协议效力的审查会以《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条关于确认行政行为无效的规定为基础，并结合《中华人民共和国合同法》第五十二条关于合同无效情形的规定，根据依法行政原则、及对合同相对人信赖利益保护、诚实信用、意思自治等合同法的原则，由法官进行裁决。
所以，签订征收补偿协议前，首先应当认识到只有在存在重大、明显违反强制性法律规定，损害国家利益、公共利益及他人合法权益时，行政协议才有可能被确认为无效协议，否则，法院仍可能认可补偿协议的效力;在此提醒广大被征收人，在合同内容不符合自己的预期愿望时，可暂缓签订补偿协议。
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